Санитарно-эпидемиологический аудит (СЭА) - проводится аудитором (или группой аудиторов) по обращению аудируемого
субъекта с учетом конкретных задач, сроков и объемов СЭА, предусмотренных аудиторским договором и в соответствии с планом проведения, который составляется аудитором и согласуется с аудируемым субъектом.

     Этапами проведения СЭА являются:
1) регистрация заявления о проведении СЭА;
2) предварительный анализ представленных заявителем документов;
3) заключение договора на проведение СЭА;
4) установление целей СЭА;
5) составление плана проведения СЭА;
6) проведение СЭА (проверка объекта, аналитическая обработка материалов, проведение сравнительного анализа и оценок степени санитарно-эпидемиологической значимости планируемой либо осуществляемой деятельности, достаточности и достоверности обоснований реализации объекта);
7) составление и представление аудиторского отчета аудируемому субъекту

Для проведения санитарно-эпидемиологического аудита аудируемый субъект обеспечивает финансирование и представляет аудитору следующие документы:

1) заявление на проведение санитарно-эпидемиологического аудита (в произвольной форме);
2) материалы, касающиеся объекта, подлежащего СЭА (акты санитарно-эпидемиологического обследования за последний год (при их отсутствии, акт последней проверки), утвержденную руководителем государственного органа в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия населения форму определения степени риска эпидемически значимого объекта, санитарно-эпидемиологическое заключение о соответствии объекта требованиям санитарных правил);
3) при наличии документацию по системе менеджмента хозяйствующего субъекта, предыдущие заключения по СЭА;
4) иные материалы, необходимые для оценки объекта, предусмотренные аудиторским договором.

Аудитор осуществляет сбор и систематизацию необходимой информации на аудируемом субъекте и в иных организациях.
В состав информации входят:

1) требования нормативных правовых актов по вопросам санитарно-эпидемиологического благополучия населения, касающиеся деятельности аудируемого субъекта;
2) карта района размещения и карта-схема аудируемого субъекта;
3) административная структура управления аудируемым субъектом;
4) санитарно-эпидемиологическое заключение на объект;
5) отчетность по проведению производственного контроля, акты и протокола по аттестации рабочих мест;
6) копии протоколов о проведении проверок территориальным подразделением ведомства государственного органа в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия населения за последние три года (при наличии);
7) сведения об обращениях граждан и общественных объединений по поводу деятельности аудируемого субъекта.

План проведения СЭА составляется в произвольной форме с учётом особенностей конкретного производства и включает:

1) проверку условий производства, транспортировки, хранения, применения и реализации сырья, продукции, подлежащей государственному санитарно-эпидемиологическому надзору, условий и режима труда, проживания, отдыха, питания, водоснабжения, а также выполнения работ и оказания услуг;
2) проверку ведения учета и отчетности, связанной с осуществлением производственного контроля и заключительных актов медицинского осмотра работающих;
3) проверку организации медицинских осмотров, гигиенического обучения работающих и контроля наличия личных медицинских книжек;
4) определение объема и перечня образцов с объектов внешней среды для проведения токсикологических, радиологических, санитарно-гигиенических, бактериологических, вирусологических, физико-химических экспертиз;
5) проведение лабораторно-инструментальных замеров;
6) подготовку рекомендаций по улучшению санитарно-эпидемиологического состояния объекта;
7) выводы о эпидемической значимости объекта, с оценкой санитарно-эпидемиологических рисков и определением степени риска, сведения о выявленных нарушениях, достоверности ведения документации и отчетности.

     По результатам проведенного СЭА составляется аудиторский отчет, содержащий выводы о соответствии (несоответствии) объекта санитарным правилам. На основании результатов санитарно-эпидемиологического обследования и изучения представленных документов объекта на предмет его соответствия требованиям законодательства в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия населения, проведенного сравнительного анализа и оценки степени санитарно-эпидемиологической опасности планируемой либо осуществляемой деятельности, достаточности и достоверности производственного контроля, аудитор (аудиторская организация) вносит рекомендации (предложения) по стабилизации ситуации (состояния) объекта.